Вранці 15 липня 2009 року Естемірову викрали з автобусної зупинки поблизу її будинку у Грозному, згадує «Комітет захисту журналістів» (CPJ). У 16.30 того ж дня тіло Естемірової з 5-ма кулевими пораненнями було знайдено в сусідній республіці Інгушетія, поблизу федерального шляху «Кавказ» (Ростов-Баку).

Першими почали бити на сполох колеги журналістки з правозахисної діяльності, через те, що вона не з’явилася на зустріч – вони приїхали до будинку Естемірової та опитали сусідів. Член «Меморіалу» Катерина Сокирянська згадує: «Люди боялися говорити з нами, і лише одна жінка сказала, що Наталю викрали. Проте вона побоялася назвати себе і повідомити свою адресу».

«Серед найбільш вірогідних мотивів вбивства Естемірової, за словами слідчих, її журналістська діяльність, а також діяльність у сфері захисту прав людини, вірогідно, до вбивства Естемірової можуть бути причетні обурені її правозахисною діяльністю високопосадовці з місцевої поліції, котрі фігурували у розслідуваних нею справах», – відзначає CPJ.

Після вбивства у 2006 році Анни Політковської, Естемірова була єдиним журналістом, який відкрито критикував чеченського лідера Рамзана Кадирова та його оточення, додає «Комітет захисту журналістів».

Протягом останніх тижнів свого життя Естемірова працювала над декількома випадками викрадення та покарання без суду та слідства чеченських громадян, урядові служби безпеки були учасниками цих викрадень.

Через три тижні після вбивства Естемірової правозахисники Харема Садуллаєва та Алік Джабрайлов були знайжені вбитими, у жовтні 2009 зникла інша активістка за права людини Зарема Гайсанова – нікого не було заарештовано у цих справах.

Ці злочини повністю паралізували роботу журналістів та правозахисників у Чечні. Крім того, на цьому фоні – об’єктивне та повне розслідування вбивства Естемірової є грандіозним завданням, зауважує CPJ.