В 2016 році його засудили до шести років ув’язння за розкрадання та ухилення від сплати податків, пише «Радіо Свобода». У в’язниці залишається його син - Асет Матаєв, директор незалежної інформаційної агенції KazTag, який був засуджений до п’яти років за цією ж справою.

За словами Сейткази Матаєва, він сподівається, що Асета також звільнять.

Обох чоловіків  затримали наприкінці лютого 2016 року за звинуваченнями в ухиленні від сплати податків і розтраті державних коштів. Антикорупційне бюро спочатку звинуватило Сейткази Матаєва у розкраданні 380 000 000 тенге (близько 1 147 276 доларів) та несплаті 327 000 000 тенге (близько 987 261 доларів)  у вигляді податків. Асет Матаєв був звинувачений у тому ж. Обидва заперечували свою провину.

Правозахисні групи заявляли, що Матаєва переслідували за його діяльність на посаді голови спілки журналістів. Комітет захисту журналістів (CPJ) закликав владу Казахстану негайно зняти всі звинувачення проти Сейткази та Асета Матаєвих.

У квітні 2017 року в країні була оголошена амністія на честь 25-ї річниці незалежності Казахстану. У зв’язку з цим термін тюремного ув'язнення Сейткази Матаєва був скорочений на два роки та вісім місяців.